Sự phát triển của ngành nuôi trồng thủy sản luôn kéo theo những vấn đề về môi trường, sinh thái và xã hội. Khi diện tích canh tác thủy sản tăng lên thì tất yếu các diện tích canh tác khác sẽ giảm đi và điều đó sẽ dẫn đến nhiều sự thay đổi trong cơ cấu nông nghiệp, môi trường sinh thái và các vấn đề về xã hội nhất là khi ứng dụng các kỹ thuật thâm canh để thúc đẩy gia tăng sản lượng theo nhu cầu xuất khẩu.
Do đó, kể từ năm 2000, Nhà nước đã ra nhiều Nghị quyết nhằm chỉnh đốn lại ngành nuôi trồng thủy sản, trong đó bao gồm việc ứng dụng các kỹ thuật canh tác mới để đáp ứng cho nhu cầu pháp triển bền vững của ngành và xã hội.
Ngày nay, các kỹ thuật canh tác thủy sản mới đã ứng dụng nhiều kết quả nghiên cứu công nghệ sinh học (CNSH) để thay thế cho các biện pháp hóa học trước đây. Việc thay thế các kỹ thuật này đã góp phần giải quyết các vấn đề tiêu cực do sử dụng chất hóa học gây ra như sự ô nhiễm, sự thoái hóa môi trường sinh thái, ảnh hưởng xấu lên sức khỏe của người sử dụng cũng như giúp tạo ra những sản phẩm sạch hơn, phù hợp cho nhu cầu xuất khẩu đến những thị trường khó tính như châu Âu, Mỹ, Nhật, Hàn Quốc… Các kỹ thuật canh tác mới này được yêu cầu bắt buộc trong các hệ thống nuôi trồng đạt chuẩn GMP, GAP…
Trong quá trình huôi trồng thủy sản, các biện pháp ứng dụng CNSH đáng kể đến là việc sử dụng các chế phẩm vi sinh vật hữu hiệu (Effective Microorganism, EM). Sự sử dụng các chế phẩm EM trong nuôi trồng thủy sản đã cho thấy những hiệu quả tích cực của nó. Các ứng dụng EM đã giúp cho việc canh tác thủy sản trở nên an toàn đối với con người và môi trường hơn so với khi sử dụng các biện pháp canh tác sử dụng hóa chất. Các vi sinh vật này hỗ trợ quá trình nuôi trồng thông qua các quá trình sống hữu cơ của chúng như khả năng hấp thu và chuyển hóa các chất độc gây hại trực tiếp cho thủy sản (các kim loại nặng, NH3, H2S, NO2…) hoặc gây hại gián tiếp cho thủy sản (sự dư thừa kali, phosphor…); khả năng ức chế sự phát triển của của các sinh vật không hữu hiệu và các vi sinh vật gây bệnh cho vật nuôi; khả năng hỗ trợ tiêu hóa và phóng chống các bệnh đường ruột và khả năng khử loại ô nhiễm nước và đáy ao... Thực tế đã cho thấy rằng việc sử dụng EM giúp cho ngành nuôi trồng thủy sản được phát triển bền vững hơn.
EM đã được nghiên cứu từ những năm thập niên 70 của thế kỷ trước ở Nhật nhằm giải quyết các vấn đề về môi trường và sinh thái thông qua các tương tác của các loài vi sinh vật có trong sản phẩm EM. Sản phẩm này có bản chất bao gồm chủ yếu là các nhóm vi sinh vật như vi khuẩn lactic, vi khuẩn quang dưỡng, nấm men, xạ khuẩn và vài loài nấm mốc. Khi được đưa vào quá trình, các vi sinh vật có trong EM sẽ phát triển bằng cách sử dụng các chất dinh dưỡng có trong môi trường (trong đó có những chất mà vật nuôi, cây trồng không thể sử dụng hoặc gây độc cho vật nuôi, cây trồng) và bắt đầu tiết ra những chất có hoạt tính sinh học như các enzyme (men), các chất kháng oxy hóa, các kháng sinh, các acid hữu cơ… để phân hủy các chất tồn động gây ô nhiễm hoặc ức chế, tiêu diệt các loài sinh vật khác có khả năng gây hại cho vật nuôi, cây trồng.
Ngày nay, các nhà khoa học, các doanh nghiệp đã nghiên cứu đã tạo ra những sản phẩm sinh học mới có hiệu quả tương tự như chế phẩm EM nhưng chuyên dụng hơn cho từng lĩnh vực khác nhau như nuôi trồng thủy sản, môi trường, trồng trọt, chăn nuôi thú y... Các cơ sở khoa học, thành phần cũng như phương pháp sử dụng các sản phẩm sinh học mới này đều dựa trên những đặc tính có lợi của các vi sinh vật. Trong nuôi trồng thủy sản, các vi sinh vật được ứng dụng để sản xuất những chế phẩm sinh học này cũng chủ yếu thuộc các nhóm vi khuẩn lactic (nhưLactobacillus acidophilus, L. casei, L. plantarum, Streptococcus lactis…), nhóm vi khuẩn quang dưỡng (như Rhodopseudomonas palustrus, Rhodobacter spaeroides…), nhóm nấm men (như Saccharomyces cerevisiae, S. boulardii, Candida utilis, Rhodotorula sp.…), nhóm xạ khuẩn (như Streptomyces albus, S. griseus…) và nhóm vi nấm (như Aspergillus oryzae, Mucor hiemalis…). Ngoài ra còn có nhóm vi khuẩn chuyển hóa các hợp chất chứa nitơ gây độc cho vật nuôi thủy sản như các loài Nitrosomonas và các loài Nitrobacter. Ngày nay, các chế phẩm sinh học dùng canh tác thủy sản có thể chỉ chứa một loài, một vài loài trong cùng một nhóm hoặc các loài thuộc các nhóm vi sinh vật hữu hiệu khác nhau tùy vào mục đích của nhà sản xuất chế phẩm cũng như nhu cầu của đơn vị nuôi trồng.
Điều cần lưu ý khi sử dụng chế phẩm EM là hiệu quả thực tế của chế phẩm. Hiện tại trên thị trường có hàng nghìn chế phẩm EM được dùng để giải quyết các vấn đề trong nuôi trồng thủy sản. Tuy nhiên, không phải bất cứ sản phẩm nào cũng cho hiệu quả khả quan và ổn định. Hiện tượng này xảy ra là do xuất phát từ nhiều nguyên nhân khách quan và chủ quan khác nhau. Trong đó, đáng kể đến là sự phù hợp của sản phẩm (đúng hơn là của loài vi sinh vật hữu hiệu có trong sản phẩm) đối với môi trường canh tác vì các quá trình chuyển hóa sinh học của vi sinh vật luôn phụ thuộc rất nhiều vào các điều kiện tự nhiên của hệ thống canh tác. Do đó, trong quá trình canh tác, các chủ trang trại nuôi trồng cần có những kiến thức nhất định về môi trường, vật nuôi cũng như mạnh dạn thử nghiệm các biện pháp mới để có thể mang lại hiệu quả canh tác cao nhất.
Bằng các kỹ thuật CNSH mới, các nhà khoa học ngày nay đã tìm hoặc tạo ra ngày càng nhiều những loài vi sinh vật hữu hiệu mới. Kết quả nghiên cứu đã cho ra đời những chế phẩm EM mới có hiệu quả cao và ổn định hơn. Tuy nhiên, việc đưa vào sử dụng những chế phẩm này vẫn còn đó nhiều vấn đề cần được nghiên cứu sâu hơn nếu như muốn có được sự phát triển bền vững về sau của ngành nuôi trồng thủy sản.
Mặc dù các kết quả ứng dụng EM trong nuôi trồng thủy sản rất lớn trong việc giải quyết các vấn đề về môi trường, sinh thái và con người, xã hội, các đơn vị liên quan vẫn còn nhiều vấn đề phải giải quyết sớm như sự tương tác của các loài vi sinh vật hữu hiệu có trong các chế phẩm EM (đặc biệt là các sản phẩm nhập khẩu, chứa những sinh vật ngoại lai) với môi trường sinh thái. Trong số các sản phẩm sinh học này, cần quan tâm đúng mức đến các sản phẩm được sản xuất từ các loài vi sinh vật được chuyển gen. Do đó, quá trình thử nghiệm các chế phẩm EM mới cần phải được thực hiện một cách nghiêm túc bởi các nhà khoa học. Bên cạnh đó, các cấp quản lý cần phải quan tâm và đầu tư đúng mức việc tổ chức quản lý, cũng như thử nghiệm các sản phẩm EM này.