Sự phát triển của ngành nuôi trồng thủy sản luôn kéo theo những vấn đề về môi trường, sinh thái và xã hội. Khi diện tích canh tác thủy sản tăng lên thì tất yếu các diện tích canh tác khác sẽ giảm đi và điều đó sẽ dẫn đến nhiều sự thay đổi trong cơ cấu nông nghiệp, môi trường sinh thái và các vấn đề về xã hội nhất là khi ứng dụng các kỹ thuật thâm canh để thúc đẩy gia tăng sản lượng theo nhu cầu xuất khẩu.